विवाद-1
शिष्य आनंद गिरि को अखाड़े से निकाला
महंत नरेंद्र गिरि और उनके सबसे खास शिष्य आनंद गिरि के बीच हरिद्वार कुंभ से दूरियां बढ़ गईं। स्वामी आनंद गिरि पर परिवार से संबंध रखने और मठ-मंदिर के धन के दुरुपयोग का आरोप लगाते हुए नरेंद्र गिरि ने उनके बाघम्बरी गद्दी मठ और बड़े हनुमान मंदिर में प्रवेश पर रोक लगा दी थी। इसके बाद कई दिनों तक दोनों तरफ से आरोप-प्रत्यारोप लगते रहे। आखिरकार 26 मई को लखनऊ में आनंद गिरि ने गुरु का पैर पकड़कर माफी मांग ली थी।

विवाद-2
आशीष गिरि की आत्महत्या पर उठे थे सवाल
पंचायती अखाड़ा श्री निरंजनी के सचिव महंत आशीष गिरि की 17 नवंबर 2019 को संदिग्ध स्थिति में मौत पर भी सवाल उठे थे। मूल रूप से पिथौरागढ़ के रहने वाले आशीष गिरि दारागंज स्थित पंचायती अखाड़ा श्री निरंजनी के आश्रम में रहते थे। मौत के बाद कुछ लोगों ने महंत नरेंद्र गिरि पर भी सवाल उठाए थे। हालांकि बाद में पुलिस जांच में कुछ नहीं निकला।

विवाद-3
सपा विधायक से जमीन को लेकर हुआ था विवाद
नरेंद्र गिरि का विवाद 2012 में सपा नेता और हंडिया से विधायक रहे महेश नारायण सिंह से जमीन की खरीद फरोख्त को लेकर भी हुआ था। फरवरी 2012 में महंत ने सपा नेता महेश नारायण सिंह, शैलेंद्र सिंह, हरिनारायण सिंह व 50 अज्ञात के खिलाफ जार्ज टाउन में मुकदमा दर्ज कराया था। दूसरे पक्ष ने भी नरेंद्र गिरि, आनंद गिरि व दो अन्य के खिलाफ रिपोर्ट दर्ज कराई थी।

विवाद-4
बार बालाओं पर मंदिर के रुपये उड़ाने के आरोप
अपने गुरु महंत नरेंद्र गिरि से विवाद के बाद योग गुरु स्वामी आनंद गिरि ने मई में दो वीडियो जारी कर मंदिर के रुपयों के दुरुपयोग के आरोप लगाए थे। एक वीडियो में बार-बालाएं थिरक रही थीं और उनके साथ बड़े हनुमान मंदिर व मठ से जुड़े लोग डांस कर रहे थे। बार-बालाओं पर नोटों की बारिश भी की जा रही थी। दूसरे वीडियो में मंत्रोच्चार के बीच नोटों की बारिश हो रही थी। इसमें महंत नरेंद्र गिरि दूल्हा-दुल्हन को आशीर्वाद दे रहे थे।